 鲜花( 283)  鸡蛋( 15)
|
本帖最后由 nanoEM 于 2016-10-5 20:21 编辑
5 e7 ~% S* L6 r5 s
' @: U5 C- V1 q1 z3 Q韩春雨基因编辑技术恐遭弃用 大面积无法重复实验(搜狐)
6 u4 e3 j- q, i# G- F
/ p. I) i# ?4 G# w3 M% v（原文作者：澎湃新闻见习记者 王盈颖）( g G8 |. X' X% Z
3 `; S3 T W3 B8 d- H$ q$ zhttp://news.sohu.com/20161006/n469627812.shtml
7 z! U* _ k# A6 y& X8 s) a( O( L8 q9 {3 L7 O& B
因为大面积无法重复实验，作者和所在单位又不出面应对质疑声，河北科技大学副教授韩春雨领衔的NgAgo基因编辑技术的重复工作已经遇冷。
+ T% ], ]7 L# R; ]# v! { s/ y
2 |& c; G Z5 Y" O2 {' F 自2016年5月2日在《自然-生物技术》在线发表论文，NgAgo已经问世5个月，韩春雨在论文中描述的NgAgo是一项和目前主流的“基因魔剪”CRISPR拥有同样效率的基因编辑技术，能高效地实现对特定DNA片段的敲除、加入。
3 B1 y% M2 Z G l3 E. |
" i8 y# F4 T4 c. ` 但在近日哥本哈根举办的“CRISPR Genome Editing（CRISPR基因编辑）”大会上，美国、丹麦、德国在基因编辑领域顶尖的实验室参会，却无人提及NgAgo。
$ Q) W/ r- y: }; U
3 Z! K% I. u/ H( x 美国生物学家张锋、詹妮弗·杜德娜（Jennifer Doudna）、乔治·丘奇（George Church）各自所在的实验室是基因编辑领域的权威。知情人士向澎湃新闻（www.thepaper.cn）透露，张锋实验室无法重复NgAgo实验，丘奇实验室听闻诸多实验室无法重复后，保持观望。有消息称，在今年8月召开的一次重量级内部学术会议上，詹妮弗在问答环节被问及是否重复NgAgo成功，她的回应是否定，澎湃新闻尚未证实这一传言。
# J. g! D# }+ [9 _% @% G
! M+ M) i/ {: S1 z NgAgo不仅在国外遇冷。9月27－28日，“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”召开，主题是“基因组编辑新技术的兴起将带来的冲击”。这并非一次没有分量的学术沙龙，国内各大高校、机构近30位基因编辑领域的学者聚集于此，其中包括北京大学生命科学学院教授、中科院院士许智宏以及华大基因杨焕明院士在内。韩春雨不在出席代表之列。
5 R; y: K) n, q) c0 ^+ @# G+ B1 K
, S S8 T+ [/ g% A9 i% W* R 澎湃新闻（www.thepaper.cn）采访到3位国内基因编辑领域的实验室PI（项目负责人），他们大多坚持不懈地重复了近两个月甚至更久，有的重复了几十次NgAgo实验，投入科研经费20万元；有的在几百个小鼠基因、动物胚胎上试验NgAgo技术，花费10多万元。令他们失望的共同结果是：NgAgo实验不奏效。8 A8 u- }" M9 [
0 M9 w( p, h3 i7 @
“据我了解，绝大多数实验室都已停止对NgAgo的重复。”其中一位PI告诉澎湃新闻，实验室还有其他项目，没有再多的精力和财力投入到NgAgo之中。
4 g+ ]" ^, u7 B1 O; ^* `! z, h2 L% Z* L' b, y0 L$ |8 a, `
因为不愿被过多打扰和迫于压力，3位实验室PI都要求匿名。
( X* R- H0 r. m- K
! E. Y( [$ f( Y# Z% Y# Z 可能有“几百家”实验室重复实验，总耗资“几亿美元”; r) { ~; q P D
$ O* ?6 k$ b- j( N: f, P( a
来自内陆某高校的这位实验室PI是最早进行NgAgo重复实验的科研人员之一。他告诉澎湃新闻，在韩春雨论文在线发表的第三天，他看到了论文，并在当天晚上提交了实验设计，让学生开始重复实验。论文所描述的NgAgo性能强大，他觉得兴奋，直观的反应是生理性的，“鸡皮疙瘩起了一身”，“我说‘太好了’，一宿几乎没睡。我是基于科学的激动。”+ _; J+ i- y, o+ ^* C6 A; k% w$ u$ F
0 n1 d, A! S `
反差是巨大的。整个5月份，他做了12轮重复实验，都失败。再做，失败，再做，四个月时间里累计做了数十次，花了20万（含人工费），全部重复实验都失败了。
1 M' ? T8 f$ M4 M; ^( }( W% ~6 i9 e) T
另一位来自沿海地区的实验室PI也在文章刚发表后就去合成质粒，这是NgAgo重复实验必需的材料。他开始在小鼠基因上重复实验，每批几十、上百个小鼠基因，按照韩春雨论文的实验步骤操作，想看看NgAgo的切割效率如何。两周后，第一批实验结果出来，没有一个小鼠基因出现了被编辑的迹象。9 Q' ^# ]/ S1 S6 T( g/ U. _
: e; v+ J. `' E1 D( }+ m4 A! l1 v
他去问了一圈领域内熟识的同行，“他们都没重复出来”，有的到Figuer3C（图3C）能重复，但一做测序都是假阳性。
! v5 {$ S1 w7 V% o- d! [. R! i% Y- W6 D! z! P
是不是没有注意到什么细节？他去韩春雨所指定的生物公司合成质粒，把小鼠细胞替换成293人类细胞，“完全按照他（韩春雨）一模一样”地重复实验，还是失败。反反复复，总共分别做了7、8次小鼠和人类细胞，无一例外地失败。
5 E$ ]2 H( {7 v) k1 h; O: `6 H' [ h. Z e
10多万人民币、操作重复实验的学生几十天的时间、实验室其他项目放缓的进度，这些都折算在重复NgAgo实验失败的成本里。2 i/ j; p* \' u" O
* O; f; V; p5 g6 q
这位PI向澎湃新闻表示，NgAgo实验是工具性的、定性定量的，正是因为韩春雨在论文中所描述的NgAgo太高效了（21.3%41.3%），并在40多个位点都保持高效率，还没有序列限制，所以全球基因编辑领域的实验室才立即跟进。
5 L# v# i: E9 ^" Q
7 X8 r9 z) C4 C+ c$ o “如果说一般般的效率，没人会去重复，因为大家用CRISPR已经用得很好。”他估算，国内外有几百个实验室进行NgAgo实验，加上人力成本，所耗费的资金或许可达几亿美元。' |8 j1 S6 X4 u9 Y. t# g
1 u- V% p+ x/ Q3 o 第三位实验室PI来自北方某研究机构，他没有统计过实验室为NgAgo投入了多少钱，“肯定的是，至少有一个学生两个月的时间浪费在上面，而且我们在合成基因上也花了不少钱，做了很多小鼠实验，这个花费会更多一些。我们做了好几百个胚胎，没有确切的结果。所以还是比较令人失望的事情。”- H6 Q* d" f5 m5 G% M
" D; k: z7 V; Z+ J
“我有两个学生，独立地在重复，严格地按照他（韩春雨）发表的细胞系，他发表的序列和他描述的方法，我们也尝试了去改进，但没有阳性结果。所以我们也就不想再在这上面浪费时间了。”这位PI说，整个过程他经历了从惊讶、兴奋到最后的失望。
, G- _5 s- R' P- m R8 O
' c5 A* P9 [% B PI们的一些反驳和疑惑
2 y( O0 j$ N3 u
) R( k/ b% X6 H 疑惑和争议还不只是对待屡试屡败的重复实验结果。上述实验室PI们对韩春雨的一些说法进行了反驳。
. i2 w% ^4 M) `' s/ n2 Z' e4 [3 b' k* C1 T9 a; E1 v8 T
韩春雨公开回应，实验需要“高超的技巧”，并曾向澎湃新闻表示，80%的重复实验是因为细胞被污染，因为总是学生在操作实验，没有接受过严格的科研训练。来自沿海地区的这位PI则告诉澎湃新闻，NgAgo实验很简单，“随便一个新入学的博士，训练一个星期就可以做得很好”，并提及完成整个实验仅需一个星期，并非韩春雨所说“一个月还没做完一轮”。" |" E8 b8 A# D3 `9 E
; z/ A# B" i$ q/ ?$ V- M 对于涉及“实验机密”问题，该PI表示，“不存在保守技术涉密的，保守技术就不要发文章，仅申请专利也行”，论文一旦刊发，意味着有义务在科学共同体内共享能让实验顺利进行的信息。这对作者而言并非没有益处，能让更多的同行重复成功，可以建立起自己在科学共同体内的声誉，这对科学家来说并非可有可无，而是至关重要的，关系到今后学术论文发表。0 K/ a, t4 O5 p2 H2 Q% |- j0 k y
6 ]. n# p. T$ h
作为解决同一问题的技术，CRISPR在诞生之初是不是如韩春雨所说效率“只有1%”？上述PI告诉澎湃新闻：“CRISPR在一两周内就重复出来了，而且开放共享。刚出来的效率非常高，而且意外地高，我们都很惊讶。”( X* s9 s2 }; w' z5 h8 [2 X
9 E& m! O* }6 v; `* Z% s7 d
是否有阵营之间相互打压之说？在网络流传的一段电话录音里，韩春雨对一位外校学生表示，NgAgo的成功会让CRISPR阵营失去上亿元，暗示CRISPR阵营正在打压NgAgo。来自北方某个研究机构的PI否定了这个说法，“科学就是就事论事，你别提以前谁做什么的。根本不是阵营的问题，这就是科学。”! l" o/ \$ z9 a+ _, I! B+ [7 r/ E
3 _* w6 p: F. r$ F" j 在韩春雨共享给同行的质粒上，两位PI无一不表示了困惑。
( u+ p0 P6 D5 P! N1 Y, |: c) ]) j! P* l" H
其中一位PI透露，自己曾派学生前往石家庄，希望韩春雨能提供论文中的质粒，但拿回去后PI发现，“他没有给我们这个原本的质粒，他给的是一个编码酶的基因在细菌里表达的载体（论文中为在人类细胞表达的载体）。”而NgAgo酶要工作，必须在一个合适的载体上。
5 o" w1 \+ F6 Y7 l5 Q$ a$ i+ X$ I+ i% D; ^7 Q m% x* A
另一位PI反映了类似的信息，PI的一位同行朋友同样派人去了石家庄，但“韩春雨给的质粒信息不全，都很奇怪。有的质粒没有promoter（启动子）有些没有stop codon（终止密码子）（注：这两个等同于“开关”，没有前者基因不能表达成蛋白质，没有后者蛋白质翻译无法停止）。”
" |: ^; @- c& B7 q( ?- r' f" v+ U, ]) | V& L
PI们都向澎湃新闻表示了担忧，NgAgo技术的大面积无法重复或将影响中国科研者整体的国际学术声誉，“以后看到中国出来的（论文）都会怀疑一下。”0 i7 a1 t8 Z* D" g8 a S" b+ q
1 ~' L: f1 r/ ]) i" s P% O “我觉得确实，重要的是，国内的这个领域应该是有一个明确的声音来质疑这件事情，否则大家会觉得中国的这个领域是没有客观性的。也就是说，你可能需要一个自我纠错能力吧？”其中一位PI说。- F2 V0 C3 I9 f0 U6 y
M* c; Y+ Q2 K& n5 B) w) h; Y 在“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”上，数十位基因编辑领域专家达成了八条共识，其中包含了以下内容：3 I/ Y& y Q9 t; h! J3 J
# U/ D9 r' ^$ K% t9 m, g$ i
"科学家必须自律，行业要有行规’，基因组编辑技术威力巨大，科学工作者应加强自身的科学素养，摒弃急功近利，认真踏实、稳扎稳打地做好研究，努力建设培养良好的学术风气和研究氛围。” |
|
楼主: mich2015
狗仔卡
发表于 2016-10-2 05:43
显身卡
，
楼主